Proszę Państwa, oto przedstawiam: Bakterie. Jeżeli myśl o mikrobach przejmuje Was dreszczem, to zapraszam. Spróbuję Wam pokazać, że nie są to paskudne potwory, które trzeba zniszczyć za wszelką cenę.
wtorek, 31 lipca 2012
Już witała się z gąską… a Nobla nie będzie

 

Pamiętacie wielki show, jaki NASA urządziła swojej naukowiec Felisie Wolfe-Simon z okazji publikacji artykułu o bakteriach wbudowujących do DNA arsen zamiast fosforu? Pani miała swoje pięć minut sławy, a potem zachowała się nieładnie, nie chcąc polemizować z innymi naukowcami, trochę w tonie „nie jesteście godni, żebym się do was fatygowała”. Sprawa była jednak wielkiej wagi, ponieważ, już samo w sobie fascynujące i ważne odkrycie, według niektórych miało wskazywać na ogromne prawdopodobieństwo istnienia życia pozaziemskiego, tudzież być cegiełką w teorii, że życie przyleciało na Ziemię z Kosmosu.

[tutaj na scenę wkracza doktor House ;)]

Jedno z moich wrażeń z oglądania tego serialu było takie, że House w ramach diagnostyki wykorzystywał najnowsze zdobycze techniki, przy czym najpierw stosował te niezwykłe, kosztowne i bardzo skomplikowane metody, często wątpliwe etycznie i zagrażające życiu pacjenta, a dopiero na końcu, w akcie prawie że poddania się, sięgał po stetoskop i ordynował badanie krwi lub posiew bakterii. O dziwo, zwykła morfologia nagle odpowiadała na wszystkie pytania, tylko że pacjent był już lekko prawie nieżywy.

Już pierwsze zarzuty wobec badań Wolfe-Simon wskazywały, że zachowała się ona właśnie jak drugi House. Mając do dyspozycji z udostępnioną  przez NASA, nomen omen kosmiczną, technologię, przeprowadziła ona skomplikowane i raczej niemożliwe do powtórzenia przez inne laboratoria doświadczenia. Niemożliwe, ponieważ mało kto ma dostęp do takiego sprzętu. Skupiwszy się na jałowieniu tipsów po 50 razy, badaczka „zapomniała” przeprowadzić takie banalne doświadczenia, jak hodowanie szczepu na różnych podłożach i wskazanie różnic wynikających z innego składu pożywki. Zarzuty szły jednak dalej: oprócz brakujących całych, wydawałoby się, że oczywistych, doświadczeń, naukowcy z NASA nie wykonali wszystkich koniecznych kontroli (pytanie do recenzentów tej pracy: czyżby na hasło NASA ktoś poczuł się zbyt onieśmielony, żeby nakazać przeprowadzenie dodatkowych eksperymentów?).

Pojawili się jednak dociekliwi badacze, którzy nie poprzestali na słownych zarzutach, ale zdobyli fundusze i różnymi sposobami pokazali, że pani Wolfe-Simon jednak Nobla nie dostanie.

Na pierwszy ogień wyniki zespołu Rosemary Redfield, która od początku podważała rezultaty Wolfe-Simon i wytykała jej często proste błędy.

Zespół Redfield pokazał, że szczep GFAJ-1 nie rośnie na podłożu udającym wodę z jeziora Mono (miejsce izolacji szczepu), chyba, że doda się do niego nieco glutaminianu. Natomiast ilość fosforu, która znajduje się w podłożu bezfosforowym jako zanieczyszczenie jest wystarczająca, aby szczep rósł całkiem przyzwoicie i, jak wynika z literatury, nie jest to wyjątek. Testy pokazały także, że szczep ten rośnie dobrze na podłożu wzbogaconym  fosforanem, ale pozbawionym arsenianu, co wskazuje, że ten drugi nie jest mu do życia niezbędny.

Redfield wydała się także podejrzana ilość arsenianów, jaką Wolfe-Simon zanotowała w zawierających DNA fragmentach agarozy – była ona nadspodziewanie duża biorąc pod uwagę szybkość, z jaką arsenian w środowisku fizjologicznym utlenia się do arseninu.

Kilkukrotne płukanie DNA wodą destylowaną wystarczyło, by pozbyć się większości wykrywanego arsenu – prawdopodobnie pochodził on więc z podłoża. Nie wykryto również pochodnych arsenianu  pochodzących z rozpadu kwasów nukleinowych. Na podstawie analizy czasu i stopnia degradacji oczyszczonego DNA szczepu GFAJ-1 i szczepu kontrolnego wywnioskowano natomiast, że nie istnieją sugerowane przez Wolfe-Simon białka, które miałyby stabilizować wzbogacony arsenianem DNA przed rozpadem, a sama inkorporacja arsenianu, jeśli w ogóle się zdarza, to tysiąc razy rzadziej niż sugeruje Wolfe-Simon.

Chyba jeszcze bardziej pogrążająca jest druga praca, opublikowana przez zespół Julii Vorholt. Używając ultraczystych odczynników (widocznie Szwajcarzy mają lepsze źródła niż Amerykanie) pokazali oni, że limitująca dla wzrostu szczepu GFAJ-1 ilość fosforu jest dziesięciokrotnie niższa, niż ta, którą Wolfe-Simon uznała za zanieczyszczenie w stężeniu, poniżej którego nie jest w stanie zejść. W dalszych testach pokazali oni, że fosforany są normalnie pobierane i wykorzystywane przez ten szczep, nawet w obecności dużej ilości arsenianów, które nie są włączane w żadne ważne procesy metaboliczne, a ewentualnie powstające pochodne arsenianowe są rzadkie i raczej powstają w wyniku procesów abiotycznych, niż w wyniku celowego wykorzystania je przez komórkę bakterii. Również ten zespół pokazał, że ilość arsenu w DNA jest śladowa, i oszacował, że cząsteczka arsenianu przypada na minimum tysiąc cząsteczek fosforanu.

Podsumowując, wyniki badań Wolfe-Simon zostały zmiażdżone, a szczep GFAJ-1 nie jest przełomową nową formą życia na Ziemi i poza nią. Są to na niewątpliwie niezwykłe bakterie, zdolne do życia w środowisku niemalże pozbawionym niezbędnych fosforanów, i jednocześnie oporny na wyjątkowo wysokie stężenia arsenianów. W tym momencie chyba najbardziej istotne i interesujące wydaje się poznanie mechanizmów, które tę oporność zapewniają.

PS. nie sprawdziłam, czy Wolfe-Simon odniosła się do tych publikacji. Chociaż w tym momencie jest ona raczej czarnym charakterem w tej historii, przyznam, że nie pogardziłabym odrobiną jej tupetu i pewności siebie, a także zapleczem, jakim dysponuje ;).

PS2. ciekawe, czy Science zdecyduje się wycofać tę publikację

 

Na podstawie:

Reaves ML, Sinha S, Rabinowitz JD, Kruglyak L, & Redfield RJ (2012). Absence of detectable arsenate in DNA from arsenate-grown GFAJ-1 cells. Science (New York, N.Y.), 337 (6093), 470-3 PMID: 22773140

Erb TJ, Kiefer P, Hattendorf B, Günther D, & Vorholt JA (2012). GFAJ-1 is an arsenate-resistant, phosphate-dependent organism. Science (New York, N.Y.), 337 (6093), 467-70 PMID: 22773139

23:34, yepestis
Link Komentarze (2) »
czwartek, 19 lipca 2012
Dowiedz się czegoś o glonach...

...ale nie ode mnie

Już w poniedziałek 23 lipca kolejne spotkanie w BiotechCafe!

Tym razem będziecie mogli dowiedzieć się, co to są glony :), dlaczego są bardzo ważne dla funkcjonowania świata żywego i jaka świetlana przyszłość czeka je w rękach biotechnologów.

 

(źródło zdjęcia)

 

Początek spotkania 23 lipca 2012 r., godz. 18.00
w kawiarni Francuska30,
ul. Francuska 30, Saska Kępa,Warszawa.

 

Przyjdźcie, będzie fajnie!

23:28, yepestis
Link Dodaj komentarz »
sobota, 30 czerwca 2012
Piękne fotografie biofilmującego Bacillusa

Prestiżowa brytyjska fundacja Wellcome Trust przyznała nagrody za najlepsze fotografie naukowe. Na 12 miejscu znalazło się zdjęcie dokumentujące tworzenie biofilmu przez bakterie Bacillus subtilis (pałeczka sienna, tlenowa, gram dodatnia). Zdjęcie jest bardzo malownicze i, moim zdaniem, spokojnie mogłoby zdobić ściany zamiast jakiegoś malowidła  ;).

biofilm bacillus subtilis

Zgodnie z opisem:

Bakterie B. subtilis, u których wyrażane były fluorescencyjne białka świecące w różnych kolorach. Początkowo na szalce znalazł się mix bakterii, które dzieląc się zaczęły się organizować, tworząc wzory, które były na tyle powtarzalne, że dały się ująć w matematyczne wzory.

W kolekcji Wellcome zdjęciu towarzyszą jeszcze inne, równie malownicze:

biofilm bacillus subtilis

biofilm bacillus subtilis

 

biofilm bacillus subtilis

 

 

biofilm bacillus subtilis

Na ostatnim świetnie widać pałeczki:

biofilm bacillus subtilis

Źródło

 

PS. białka fluorescencyjne są niezwykle ważne w wielu różnych badaniach naukowych, nie tylko mikrobilogicznych. Pierwsze fluorescencyjne białko GFP = Green Fluorescent Protein zostało wyizolowane z meduzy Aequorea victoria. Za badania nad nim przyznano nagrodę Nobla z chemii w 2008 roku. Liczne modyfikacje tego białka oraz oddkrycie innych fluorescencyjnych protein doprowadziły do tego, że dziś mamy całą paletę barw, co znacznie zwiększa możliwości badań.

 

PPS. A propos tytułu, generalnie nazw bakterii nie powinno się odmieniać, a przynajmniej nie według polskiej deklinacji, więc, uwaga studenci: niektórzy doktorzy naprawdę dostają piany jak słyszą taką odmianę przez przypadki. Z drugiej strony często jest to trudne do uniknięcia, i dlatego pozwoliłam sobie na takie nadużycie w tytule.

 

 

21:03, yepestis
Link Komentarze (1) »
poniedziałek, 11 czerwca 2012
Mikrob typuje zwycięzców EURO!

Był sobie ośmiornic Paul, śladem jego macek idą kolejne zwierzątka typujące wyniki meczów. My będziemy mieć swoją bakterię!

 

Poznajcie Dżordża.

 salmonella enterica sv. typhimurium

 (źródło)

Dżordż jest pałeczką salmonelli (Salmonella enterica sv. typhimurium), a ten, kogo polubi zaczyna bardzo szybko biegać (przeważnie w kierunku toalety).

 

Jak więc Dżordż typuje zwycięzcę?

 

Wybiera jedną z drużyn.

 

Wygrywa ta druga.



22:17, yepestis
Link Komentarze (2) »
piątek, 04 maja 2012
Zabójcze piękno

Dzisiaj temat nieco łamiący zasadę bloga, że pokazuję, że bakterie to nie tylko krwiożercze potwory... Dzisiaj będą potwory, nie tylko bakteryjne, ale za to ładne ;) kolorowe.

Obrazki poniżej to slajdy prezentacji, którą przygotowałam kiedyś, w oparciu głównie o publikcję

"Color me bad: microbial pigments as virulence factors"

(kiedyś może wrzucę prwdziwą prezentację do przeglądania, ale na razie nie wiem jak to się robi na bloxie i nie mam czasu szukać... może czas znaleźć inną platformę).

Dodam jeszcze, że prezentacja skupia się na wybranych gatunkach mikroorganizmów  chorobotwórczych (również eukariotycznych), co absolutnie nie wyczerpuje tematu barwnych mikrobów.

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno 

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

prezentacja zabojcze piekno

12:51, yepestis
Link Komentarze (5) »
poniedziałek, 30 kwietnia 2012
DNA po mojemu ;)

Czyli co stworzyły moje ręce, gdy już się dorwały do różnych artykułów plastycznych; z myślą, że DNA to jedyny słuszny motyw ;)

suche pastele:

DNA

koraliki naklejone na szybkę (i sfotografowane na tle nieba):

motyw namalowany na koszulce (nie mogę pokazać całej koszulki):

DNA

modelinowy model DNA, z modeliny świecącej w ciemności. Przyznaję z pewnym żalem, że ulepiłam go skręconym w złą stronę:

DNA

Tagi: dna
14:14, yepestis
Link Komentarze (2) »
sobota, 31 marca 2012
Okołolabowo

Dzisiaj parę zdjęć, które zrobiłam w laboratorium.

1. Grzyby.

Taki widok na szalkach jest wysoce niepożądany w laboratorium bakteriologicznym. Mówiąc krótko, są to [parszywe] zakażenia, tym gorsze, że uchylenie szalki moze spowodować nowy wybuch zarodników w powietrze, skąd tylko czekać, aż skolonizują jakąś nową szalkę. Dlatego też zdjęcie nr.1 jest nieco zamazane - na wieczku od środka skropliła się para, a otwarcie jej i przetarcie absolutnie nie wchodziło w grę. Podłoże jest bogate (i uzupełnione o antybiotyk), ale zwykle zakażenie=jedna, max 2 kolonie, a nie tak jak tutaj, cały gąszcz. grzybole

 

I jeszcze zdjęcia pokazujące "lewą stronę":

grzybole

i z drugiej szalki:

 

2. Z innej beczki: widok z góry na końcówki do pipety automatycznej

tips

 

3. I jeszcze spontaniczna twórczość (zrobienie tego zajęło niecałe 4 minuty, w czasie wirowania przy izolacji DNA). Recykling zużytych probówek, w postaci ciasnego naszyjnika/bardzo luźnej bransoletki. Albo korony, zależy jak bardzo zaawansowany jest piątek;)

(probóweczki mają jakieś 1,5cm wysokości i mieszczą ok. 200 mikrolitrów, pozostały pomarańczowy płyn to jakieś dwa mikrolitry)

naszyjnik z pcrowek

19:44, yepestis
Link Komentarze (7) »
1 , 2 , 3 , 4 , 5 ... 25
| < Lipiec 2017 > |
Pn Wt Śr Cz Pt So N
          1 2
3 4 5 6 7 8 9
10 11 12 13 14 15 16
17 18 19 20 21 22 23
24 25 26 27 28 29 30
31            
Tagi

ResearchBlogging.org

Serwis Mikrobiologiczny