Proszę Państwa, oto przedstawiam: Bakterie. Jeżeli myśl o mikrobach przejmuje Was dreszczem, to zapraszam. Spróbuję Wam pokazać, że nie są to paskudne potwory, które trzeba zniszczyć za wszelką cenę.
sobota, 22 stycznia 2011
Wiesz co dotykasz?

Z gatunku: znalezione w necie, nieco obrzydliwe, ale robi wrażenie. Reklama żelu antybakteryjnego do rąk firmy Sanzer (chyba nie ma tego w Polsce, ale są inne żele;) )

Generalnie wpisuje się to ślicznie(?) w moje marudzenie o konieczności mycia rąk, gdyż np. poręcze w komunikacji miejskiej czy klamki w różnych publicznych miejscach nie są tak czyste jak nam się wydaje (nie wszystko czyste co się świeci).

A jeśli ktoś nie może umyć rąk i nie ma żadnego żelu, to niech się zastanowi pięć razy, zanim takimi brudnymi rękami weźmie się do jedzenia, smacznego.

00:11, yepestis
Link Komentarze (2) »
poniedziałek, 17 stycznia 2011
Dopisek do bakterii obalających

Bo one chyba wcale niczego nie obalają, przynajmniej artykuł nie jest zbyt przekonujący.
Tak, przeczytałam cały, hurra, czyta się go mało przyjemnie, jest trudny i zawiera głównie wyniki skomplikowanych analiz fizykochemicznych.  Za to sam artykuł, oraz to, co się wokół niego działo, porusza kilka ciekawych kwestii. Od razu się przyznaję, że część informacji pochodzi z bloga Rosie Redfield (http://rrresearch.blogspot.com/2010/12/arsenic-associated-bacteria-nasas.html polecam) i oznaczę je (rr). I dziś przepraszam, ale po raz pierwszy pojawi się coś politycznego.

Po pierwsze (ja i rr)
Zespół Felisy Wolfe-Simon (tej od arsenowej bakterii GFAJ-1) przeprowadził szeregu skomplikowanych doświadczeń, BARDZO skomplikowanych, ale w wielu miejscach zabrakło podstawowych kontroli, czyli zrobienia tego samego np. z doskonale znaną E. coli, co byłoby dobrym punktem odniesienia dla wyników dla badanego szczepu (ot chociażby oprócz szacowania ilości fosforu w jednej komórce i odnoszenia tego do swoich wyników, należałoby to zrobić też dla E. coli, której wielkość genomu jest doskonale znana, i nie trzeba jej hipotetycznie zakładać, jak to miało miejsce w przypadku badanego szczepu).
A tam, gdzie naukowcy twierdzą, że doskonale oczyścili DNA metodą z fenolem i mieszaniną fenol:chloroform – cóż, są dużo bardziej dokładne – i łatwiejsze! – metody czyszczenia DNA. Stwierdzenie, że we frakcji zawierającej DNA zidentyfikowano arsen, nie oznacza jeszcze, że ten arsen jest w DNA wbudowany. W odpowiedzi na zarzut niedokładnego oczyszczenia DNA pani Wolfe-Simon napisała: DNA izolowany tą techniką był z powodzeniem użyty w innych analizach, w tym PCR, które wymagają świetnie oczyszczonego DNA („Additionally, DNA extracted in this manner on other samples was also successfully used in further analyses, including PCR, that require highly purified DNA”) (odpowiedzi na kilka pytań pojawiły się parę dni po publikacji na stronie Science).
Akurat PCR ma to do siebie, że próbka właśnie NIE MUSI być idealnie czysta, owszem, nie może w niej być użytego do ekstrakcji fenolu, i to nie jest żadna tajemna wiedza, a świetną matrycą do takiej reakcji jest po prostu DNA wyizolowany z komórek bakterii, które zawiesza się w wodzie i gotuje.

Po drugie (rr)
Prawdopodobnie bakterie wykorzystywały śladowe ilości fosforanów, które dostały się do pożywki jako zanieczyszczenia innych składników, ponadto w obieg zapewne został włączony fosfor wyszarpany zdechłym pobratymcom.
Wystarczyłoby na tym samym podłożu pohodować jakieś inne mikroby, może niekoniecznie E. coli, ale na wszelki wypadek jakiś szczep, o którym wiadomo, że ma skromne wymagania pokarmowe.
A poza tym, podsumowując stężenie potrzebnego bakteriom fosforu, autorzy sami sobie przeczą, tracąc tym samym nieco na wiarygodności.

Po trzecie
Jezioro Mono, mimo swojego zabójczego składu, cechuje się bardzo wydajnym ekosystemem, w którym malutkie krewetki zajadają się glonami. Przedstawiona bakteria nie jest więc ewenementem, jedynym organizmem żyjącym w tym toksycznym środowisku, żyją tu też inne stworzonka, a krewetki na drabinie ewolucyjnej stoją wyżej niż mikroby.

Tu pojawia się takie zagadnienie:
Jesteśmy ludźmi (i może nawet nic, co ludzkie nie jest nam obce) i zdaje się, że czasem zapominamy, że inne stworzonka mogą funkjonować nieco inaczej. Nieludzko ;).
To, że dla nas arsen jest toksyczny, to nie znaczy, że COŚ nie może żyć w środowisku pełnym tego związku, choćby dlatego, że zmuszone przez ciocię Ewolucję nauczy się zmieniać związki tak, aby były mniej szkodliwe, albo jak je wypompować z komórki, ostatecznie nawet „wymyśli” jak je włączyć do swojej biochemii. Ekstremalnych bakterii (i archeonów) jest bardzo dużo, na przykład te żyjące w gorących źródłach. Kąpiel człowieka w gejzerze skończyłaby się mniej więcej tak samo, jak dla Antkowej siostry trzy zdrowaśki w piecu, a jednak mikroby mogą tam żyć, wręcz nie zniosą zbyt niskiej temperatury. A roślin nie można otruć cyjankiem. Przykłady możnaby mnożyć, Ewolucja jest bardzo pomysłowa i ma dużo czasu, żeby eksperymentować.

Po czwarte
Bardzo podoba mi się podsumowanie RR:
Jest różnica, pomiędzy kontrolami, które autentycznie mają potwierdzić twoją hipotezę, a tymi wykonanymi tylko po to, żeby pokazać, że twoja hipoteza jest prawdziwa. Autorzy zrobili trochę tego drugiego, ale w ogóle tego pierwszego.
(“There's a difference between controls done to genuinely test your hypothesis and those done when you just want to show that your hypothesis is true.  The authors have done some of the latter, but not the former”).
Co zresztą dedykuję wszystkim naukowcom. Oczywiście czasem trudno zaplanować doświadczenie tak, żeby było całkowicie bezstronne, bo najpierw jest pomysł, a potem dopiero doświadczenia, ale zawsze można zaplanować odpowiednio dużo różnych kontroli, a z wynikami się po prostu pogodzić, niezależnie od tego jak bardzo nam się nie podobają. Nauka nie polega tylko na potwierdzaniu swoich pięknych hipotez, a negatywny wynik to też wynik.

I tu pojawia się dygresja polityczna:
Badanie katastrofy jest jak doświadczenia naukowe. Zbieramy materiał, badamy go dostępnymi metodami, w razie nowych pomysłów stosujemy dodatkowe testy, a wątpliwości staramy się rozwiać również stosując dostępną wiedzę naukową. A nie stawiamy hipotezę i robimy wszystko, żeby ją udowodnić, nawet kosztem pokazywania wyników wyrwanych z kontekstu, albo tylko tych, które nam się podobają.  O rozpowszechnianiu wyssanych z palca rewelacji nie wspomnę.

I jeszcze jedno. Porządne badania zabierają naprawdę dużo czasu.

Jak mi się przypomni po piąte i po szóste, to może dopiszę. Pozdrowienia dla wszystkich, którzy przeczytali całość:)

22:42, yepestis
Link Dodaj komentarz »
wtorek, 14 grudnia 2010
Zapraszamy na wykład

Kawiarnia Naukowa BiotechCafe serdecznie zaprasza na wykład:

„Projekt Poznania Genomu Człowieka – wielkie nadzieje i nieoczekiwane zagrożenia”

Już w najbliższy poniedziałek, 20 grudnia 2010 w sali 7 budynku IBB PAN, ciekawy popularnonaukowy wykład wygłosi pani profesor Bożena Kamińska-Kaczmarek.

Wykład jest otwarty dla wszystkich zainteresowanych, a po wykładzie zapraszamy do dyskusji. Nie ma głupich pytań :)

Podzielcie się tą informacją ze znajomymi i przyjdźcie razem, zachęcam również do przekazania jej wszystkim tym, którzy mogliby być zainteresowani poszerzeniem swojej wiedzy o Projekcie Poznania Ludzkiego Genomu.

Gdzie i kiedy?

20 grudnia 2010, godz. 18:00-19:00
sala 7 budynek A (parter)
Instytut Biochemii i Biofizyki PAN
ul. Pawińskiego 5a, 02-106 Warszawa
link do mapy: http://goo.gl/maps/SkRO
wstęp wolny

Jak do nas trafić?

Dojazd:
autobusami 186, 172 (przystanek Banacha),
tramwajami 1, 14, 25 (przystanek Banacha – pętla), 7, 9, 25, 35 (przystanek Hale Banacha)

Więcej na temat wykładu: http://www.BiotechCafe.pl

22:53, yepestis
Link Dodaj komentarz »
czwartek, 02 grudnia 2010
Ekstremalne bakterie obalają prawdę powszechną

 

Kilka lat temu w kalifornijskim jeziorze Mono odkryto ekstremalne bakterie, które żyły mimo obecnych w środowisku ogromnych stężeń arsenu - pierwiastka śmiertelnie trującego dla większości organizmów. Wkrótce okazało się, że bakterie te nie tylko tolerują arsen, ale wręcz  potrzebują go do życia. Naukowcy wyhodowali te bakterie w podłożu BEZ fosforu, za to zawierającym arsen. Doświadczenie proste, wynik bardzo zaskakujący. Bo bakterie urosły:)

 

Co w tym szczególnego?

Jednym z dogmatów* nauki jest fakt, że wszystkie organizmy do życia potrzebują sześciu podstawowych pierwiastków, są to:

C węgiel

H wodór

O tlen

N azot

S siarka

P fosfor

 

Pierwiastki te budują podstawowe elementy komórki: kwasy nukleinowe (DNA, RNA), białka, lipidy. Fosfor jest niezbęnym elementem występującym w nukleotydach - cegiełkach tworzących kwasy nukleinowe, ale także biorących udział w przemianach energetycznych w komórce. Tymczasem nowoodkryta bakteria** w cząsteczkach tych nie ma fosforu, tylko arsen. Arsen ma budowę chemiczną podobną do fosforu - dlatego może go zastąpić, dlatego też dla innych organizmów jest szkodliwy. Łańcuch DNA z arsenem jest mniej stabilny, być może w tej bakterii "stabilizuje" go temperatura panująca w jeziorze (teoretycznie w niższej temperaturze reakcje zachodzą wolniej, a wiele ziązków jest stabilniejszych), prawdopodobnie w stabilizowaniu DNA biorą też udział odpowiednie białka.

 

Doniesienie to jest niezwykle ciekawe, jednocześnie otwiera wiele pytań z zakresu biologii komórki, ewolucji, chemii organicznej, biofizyki, a także astrobiologii. Ten tekst nie miał być o odkryciu życia pozaziemskiego, gdyż ono dotyczy jednej bakterii z pewnego jeziora, a nie mikroba przywiezionego z Kosmosu. Odkrycie to pozwala na pewne spekulacje ze strony zwolenników teorii, że życie przybyło na Ziemię z Kosmosu oraz możliwości istnienia jakiejś formy życia gdzieś we Wszechświecie, oraz, że to życie nie musi być oparte na dokładnie takich samych cząsteczkach jak życie ziemskie. Jednak podkreślam, znaleziono bardzo interesujące bakterie w jeziorze o wysokiej zawartości arsenu, który został między innymi wbudowany w DNA tych bakterii. Nie jest to żaden dowód na istnienie życia pozaziemskiego.

 

Pytań pozostaje wiele, w tej chwili muszę poszukać publikacji:). Albo nawet poczekać na nią, aż się ukaże. Odkrycia dokonali naukowcy z NASA.

 

*fascynujące, jak kolejne dogmaty zostają podważone przez niezwykłe wyjątki. A może są to wyjątki potwierdzające regułę?

 

**update: szczep został nazwany GFAJ-1 i należy on do Halomonadaceae, do klasy gammaproteobakterii, a więc tej samej, co nasza znajoma E. coli

21:13, yepestis
Link Komentarze (3) »
niedziela, 28 listopada 2010
Mrówki - zombie


Zmiana płci motyla nie wydaje się tak drastyczna, przy tym, co z mrówkami robi pewien pasożytniczy grzyb z rodzaju Ophiocordyceps.

Pasożyt ten przyczepia się do mrówki wędrującej po ziemi i zaczyna żyć w jej ciele zmieniając jej zachowanie dzięki wydzielanym substancjom chemicznym. Badane mrówki (Camponotus leonardi) mają swoje gniazda wysoko w koronach drzew lasów tropikalnych, jednak mrówki zainfekowane grzybem nagle spadały na ziemię, lub przemieszczały się w niższe partie lasu i samotnie wędrowały w poszukiwaniu świeżych liści. Ostatecznie grzyb "zmusza" mrówkę do przemieszczenia się na spód liścia, gdzie mrówka zaciska swoje żuwaczki na głównym nerwie liścia i wkrótce umiera. To wgryzienie jest konieczne dla rozwoju grzyba, gdyż unieruchamia mrówkę do czasu, aż komórki grzyba wytworzą dodatkowe substancje  spajające owada z podłożem. Unieruchomiona mrówka staje się podstawą do dalszego rozwoju grzyba, który kiełkuje z głowy owada i zaczyna wytwarzać spory, spadające z powrotem na ziemię, gdzie infekują kolejne mrówki.

Zjawisko ma charakter masowy. Naukowcy znajdowali całe mrówkowe cmentarze, gdzie na jednym metrze kwadratowym było 20-30 takich trupków, zawsze wgryzionych w liść w charakterystyczny sposób. Istotne było też to, że liście znajdowały się w pewnej odległości od ziemi, ale nie w koronach drzew. Jest to związane z tym, że grzyb zabijał mrówkę na takiej wysokości, gdzie panowały optymalne dla niego warunki temperatury i wilgotności.

Umierająca mrówka, wgryzając się w liść zostawia charakterystyczne ślady, których obserwacja pozwala dokładniej badać obecność i rozprzestrzenianie się pasożytniczego grzyba. Naukowcy przekopali się przez bazy danych i znaleźli zdjęcia, z których wynika, że grzyby atakowały mrówki w ten sposób już 48 milionów lat temu!

Wiadomo, że grzyb powoli zjada mrówkę od środka, i że wydziela alkaloidy, aby sterować jej zachowaniem; pozostaje natomiast pytanie, dlaczego pasożyt nie może po prostu zabić ofiary, tylko najpierw przejmuje nad nią kontrolę.

PS. zwracam uwagę na wytrwałość i cierpliwość badaczy: poszukiwali oni martwych mrówek i liści z charakterystycznym śladem po mrówkowych żuwaczkach oglądając dokładnie każdy liść na powierzchni 1360 m2.

źródło: guardian.co.uk


Oryginalny artykuł:

Graveyards on the Move: The Spatio-Temporal Distribution of Dead Ophiocordyceps-Infected Ants

Maj-Britt Pontoppidan,  Winanda Himaman, Nigel L. Hywel-Jones, Jacobus J. Boomsma, and David P. Hughes

PLoS ONE. 2009; 4(3): e4835.


(polecam kliknięcie linku - lub dotarcie do artykułu, dostęp jest bezpłatny - aby zobaczyć mrówkę z wyrastającym jej z głowy grzybem)

 

20:16, yepestis
Link Dodaj komentarz »
poniedziałek, 18 października 2010
Bakterie jak liście jesienne

kolorowe bakterie

Bakterie mogą przybierać kolory jesiennych liści.  Mikroby na zdjęciu pochodzą z powietrza, a pigmenty to prawdopodobnie* karotenoidy, należące do tej samej grupy związków, co barwniki ujawniąjące się w liściach jesienią (i w marchewce zawsze). W przypadku bakterii wpływ zmiany pory roku na ubarwienie nie ma żadnego znaczenia, bakterie syntezują te związki, gdyż chronią one bakteryjny materiał genetyczny przed szkodliwym promieniowaniem UV, a czasem też biorą udział w fotosyntezie.

Wysiew z powietrza to proste i ciekawe doświadczenie. Wystarczy na kilkanaście minut zostawić otwartą szalkę (np. na parapecie okiennym, ale niekoniecznie), a następnie czekać, aż pojawią się kolorowe kolonie. Może to zająć kilka dni, ale przy odrobinie szczęścia zobaczymy kolonie żółte, pomarańczowe i czerwone, czasem w różnych odcieniach. Kolonie te mogą być błyszczące i niebłyszczące, co też urozmaica naszą "zdobycz".

*prawdopodobnie, ponieważ bez przeprowadzenia odpowiednich testów nie można niczego mówić na pewno. "Bo tak jest" to w świecie naukowym nie jest żadna odpowiedź. W nienaukowym zresztą zwykle też nie;)

23:47, yepestis
Link Komentarze (5) »
piątek, 15 października 2010
Dzień mycia łapek
15 października został ogłoszony Dniem Mycia Rąk.
Pisałam już o zaletach tej jakże prozaicznej czynności higienicznej. Niestety, mimo, że to jeden z najprostszych i jednocześnie podstawowych sposobów zapobiegania infekcjom, to jednak dla wielu jest to tylko, no właśnie, co? fanaberia? zbędny luksus? przesada?

Nie chodzi wcale o szorowanie dłoni płynami o żarliwości kreta, czy nawet mydłem dla chirurgów, wystarczy zwykłe, najzwyklejsze mydło i trochę wody. Nie chodzi też o to, żeby pozbyć się każdego jednego mikroba obecnego na naszych dłoniach, bo część z nich po prostu tam żyje i jest potrzebna, ale dobrze by było pozbyć się tych obcych, nabytych nie wiadomo gdzie i od kogo, potencjalnie chorobotwórczych. Potencjalnie, bo po pierwsze nie wiemy, co nam przekazali inni, może coś nieszkodliwego, a może jakąś paskudę, a po drugie nasz organizm może się zaprzyjaźnić z określonym szczepem jakiejś bakterii, ale już inny szczep okaże się chorobotwórczy dla nas.

Bakterie naprawdę są wszędzie, a szczególnie dużo można się ich spodziewać tam, gdzie coś jest - bo musi być - często dotykane. A więc: klamki, poręcze, wszelkie uchwyty w środkach komunikacji, toalety i klamki w toaletach, wózki i koszyki sklepowe (oni tego nie myją, co najwyżej pochlapią trochę wodą, jakby się sanepid pytał, ale jakoś nie chce pytać). Do tego dochodzi fakt, że niestety, ale nie wszyscy widzą konieczność umycia rąk po skorzystaniu z wc. Tak, zgadzam się, to obrzydliwe.

A jeśli sądzicie, że właściwie niczego takiego nie dotykaliście, więc po co myć ręce, przecież skóra się wysusza/mydło kosztuje/ woda ucieka (niepotrzebne skreślić, ew. dopisać inną wymówkę) to zastanówcie się jeszcze raz, czego takiego, będąc poza domem, dotknęliście. Zawsze czegoś się dotyka. Pozostaje pytanie: kto tego dotykał przed nami i co wcześniej robił z rękami...
22:49, yepestis
Link Dodaj komentarz »
| < Marzec 2017 > |
Pn Wt Śr Cz Pt So N
    1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18 19
20 21 22 23 24 25 26
27 28 29 30 31    
Tagi

ResearchBlogging.org

Serwis Mikrobiologiczny